Graphviz
A ferramenta que desenha grafos por você. Você descreve nós e arestas na linguagem DOT e um motor de layout decide onde cada coisa fica. Desenvolvida nos AT&T Bell Labs desde o início dos anos 1990.
A sintaxe é difícil de superar em concisão: digraph { a -> b -> c; a -> c } é um fluxograma completo. Os motores escolhem a estratégia: dot para grafos direcionados hierárquicos, neato e fdp para posicionamento por modelo de molas de grafos não direcionados, circo para topologias circulares. A saída pode ser SVG, PNG ou PDF.
Como a linguagem de entrada e os algoritmos são estáveis há décadas, o Graphviz é usado como backend em todo lugar: grafos de chamadas do Doxygen, terraform graph, o profiler pprof, diagramas de dependências em gerenciadores de pacotes. O ponto fraco é que você não controla o layout em detalhe: quem decide é o motor, e teimar com rank e restrições só ajuda até certo ponto.