Биоинформатика
Информатика, применённая к биологическим последовательностям, — сопоставление строк, где строками оказываются ДНК.
Термин ввели в 1970 году нидерландские исследователи Паулин Хогевег и Бен Хеспер — задолго до того, как появились геномы для анализа. Бурный рост начался с проекта «Геном человека» (завершён в 2003 году) и секвенаторов, у которых цена генома упала с миллиардов долларов до нескольких сотен. Получилась вычислительная задача: петабайты коротких текстовых фрагментов, которые надо сложить обратно.
Набор инструментов на удивление старомоден и текстов. FASTA и FASTQ — построчные текстовые форматы, BAM — их сжатый двоичный эквивалент, а BLAST (1990) по-прежнему стандартный инструмент для поиска похожих последовательностей — по сути, приближённый строковый поиск с эвристиками. Анализом заправляют Python с Biopython и pandas, статистикой — R, а считают на кластерах или GPU.