Ordre d'empilement
L'ordre dans lequel des fenêtres sœurs se superposent, pour que le serveur sache laquelle s'affiche là où deux se recouvrent — sous X11, une propriété distincte du focus, et en fin de compte à la discrétion du gestionnaire de fenêtres.
Chaque fenêtre X11 possède une liste d'enfants, rangés dans un ordre précis du bas vers le haut. Là où deux sœurs se recouvrent, la supérieure est dessinée ; les parties couvertes de l'inférieure reçoivent un événement Expose quand elles sont de nouveau découvertes. Le protocole de base donne au client une poignée d'outils : XRaiseWindow et XLowerWindow, XCirculateSubwindows, qui fait tourner les enfants, et ConfigureWindow avec le champ stack_mode, qui peut valoir Above, Below, TopIf, BottomIf ou Opposite par rapport à une sœur facultative. XQueryTree renvoie les enfants exactement dans cet ordre, du bas vers le haut, et c'est ainsi que xwininfo -tree et les outils similaires savent ce qui se trouve au-dessus.
Pour les fenêtres de premier niveau, enfants de la fenêtre racine, d'autres règles s'appliquent en pratique. Un gestionnaire de fenêtres qui a sélectionné SubstructureRedirect reçoit les tentatives de montée et de descente des programmes sous forme d'événements ConfigureRequest et en fait à sa guise, et EWMH a ajouté des couches : le bureau tout en bas, les fenêtres ordinaires au milieu, les barres et les fenêtres marquées _NET_WM_STATE_ABOVE au-dessus, et une fenêtre plein écran ayant le focus tout en haut. La propriété _NET_CLIENT_LIST_STACKING sur la racine publie le résultat pour les paginateurs et les barres des tâches. Windows appelle la même chose l'ordre Z, avec une bande séparée pour « topmost », et macOS parle de niveaux de fenêtres. Dans les trois cas, le fait que monter une fenêtre et lui donner le focus soient deux opérations distinctes est une source constante de bogues, que l'auto-raise sert à maquiller.