X11R6

El X Consortium publicó X11R6 en mayo de 1994, pocos meses después de abandonar el MIT. Las novedades estaban bajo la superficie: ICE y XSMP para gestionar sesiones, la extensión de imágenes XIE, SYNC y XTEST, una Xlib segura para hilos y Fresco, un marco experimental en C++. Las versiones intermedias siguieron llegando durante siete años. R6.1 añadió XKB en 1996, R6.3 "Broadway" trajo LBX y la extensión SECURITY para X a través de internet, y R6.4, de 1998, se hizo famosa porque The Open Group intentó cobrar por ella y tuvo que recular en medio año.

El protocolo nunca cambió, así que "R6" describía solo la implementación de referencia. La etiqueta caló de todos modos, porque todo se instalaba bajo /usr/X11R6, una ruta que las distribuciones Linux, los BSD y macOS conservaron más de diez años mientras la versión real seguía su camino. La X.Org Foundation contó hasta R6.7 (la escisión de XFree86 en 2004) y R6.9 antes de que la X11R7.0 modular cerrara la serie en diciembre de 2005. XFree86 había usado todo el tiempo su propia numeración 3.x y 4.x, lo que explica en parte que "X11R6" acabara significando "el servidor X que tengas a mano".